Да там всё просто, в простейшем случае как-то так:
## Создаём venv директорию с именем "python_env"
python3 -m venv ./python_env
## Устанавливаем туда нужные модули
./python_env/bin/python -m pip install package1 package2 ...
## Запускаем своё приложение
./python_env/bin/python ./myproject/main.py
## или если в твоём проекте был предусмотрен setup.py:
./python_env/bin/python -m pip install ./myproject/
## вместо ./python_env/bin/python -m pip можно ./python_env/bin/pip
Ну а для автозапуска можно создать системдшный юнит файл и там прописать запуск /full/path/python_env/bin/python ./myproject/main.py