> > Наверное, это можно тоже делать вместе с деревом - отдельной навигацией по новым поддеревьям, например.

Ну вот в итоге слишком много усложнений: когда тред сильно разрастётся, надо решать проблемы оптимизации: добавлять пагинацию, как делает ЖЖ (а Reddit, кажетя, добавил кнопку "load more"), длинные ветки сворачивать и подгружать по запросу, а если хочется чтобы пользователь мог знать появилось ли в подветках треда новые комменты, запоминать что пользователь уже видел и на ветках отображать индикаторы что там появились новые комменты чтобы пользователь мог развернуть ветку и подгрузить новое. Опять же, если тред оказался слишком длинным что он разбился на страницы пагинацией, сложно узнать что где-то на средней странице на какой-то ветке появились новые комменты. Система становится технически излишне сложной и всё равно плохо решает проблемы.

> > В линейной организации проблема, мне кажется, будет в том, что ты видишь эти новые комменты вне контекста дискуссии

На классических форумах явление "вне контекста дискуссии" называлось "оффтопом" и могло модераторами либо удаляться, либо выноситься в отдельный тред с новой темой, где дискуссию можно продолжить.