Пробовал несколько вариантов софта для mm, но почти у всех проблемы - например, многие просто сжирают форматирование кода, или пробелы в начале строк. И, конечно, нигде не было никакой интеграции, непосредственно, с кодом - даже ссылку на конкретную строку локального файла можно вставить не везде. Пока что остановился на draw.io, в который вставляю скриншоты кода, но это такое себе решение.
@iliazeus чтобы не вставлять скриншоты кода, draw.io в связке с vscode также умеет добавлять ссылки на конкретный код. двойной клик на Node в графике перекинет на строчку в коде.