@horhik не очень понимаю в чем дело, но рискну предположить: а не замешан ли тут сборщик мусора? В никсе многое линкуется по абсолютным путям, а инвалидируются они именно при gc. Сборщик видит пакеты, а вот ручную сборку по-умолчанию может и не заметить. Мб там автоgc какой включили?