@Evv1L если верить мануалу, домены надо в одном флаге, через запятые:
eff-certbot.readthedocs.io/en/
> -d DOMAINS Comma-separated list of domains to obtain a certificate for

Про SAN, вижу, всё уже объяснили, так что сомнений что в одном сертификате *бывает* много доменов (основной и SANы) оставаться не должно :blobcatthinking:

@1lyaP @mo