@oreolek пролистала этот список. Единственный, кто подобрался максимально близко по сумме желаемых фич — Joplin. Но там граф только через плагин, а плагины онли декстоп

Рассмотрю его как вариант

@mo это не очень-то объясняет, что именно с его интерфейсом не так и хотя бы гипотетически как его сделать лучше.

Да и его интерфейс, надо сказать, не майки придумали. Максимум, что они туда добавили, это панельку с крупными значками слева, которую к тому же можно выключить. Всё остальное — собирательный образ расширяемых редакторов для кода вроде саблайма и атома.