Я научил свою программу для форматирования флешек выводить print в терминал из pkexec!
А именно: pkexec python3 скрипт.py > /dev/tty_в_который_нужно_вывести

Но пока это работает через subprocess а не через QProcess (потому что в данном случае надо Shell=True а QProcess в шелл не умеет как я понял (призываю @th3rdsergeevich )) и надо запускать через терминал (напрямую в PyCharm, например, принта всё равно нет, так как нужен tty)