> зачем оно там вообще было?

Так это стандартная практика для многих конфигов же. Т.е. есть основной файл конфигурации /etc/network/interfaces и он ссылается на дополнительный каталог /etc/network/interfaces.d/* - из их комбинации и получается итоговая настройка.

Интерфейсов же может быть много, в этом случае может иметь смысл делать настройки их (или отдельных групп) отдельными же файлами в этом каталоге, чтобы легко их подключать/менять.

В твоём случае достаточно просто проверить пустой ли это каталог, а так пусть будет.