@iron_bug Там походу ситуация, когда для комментирования нужны две решетки, а не одна. Я, получается, под строчкой
# CONFIG_HOTPLUG_PCI is not set
просто добавил нужные мне
CONFIG_HOTPLUG_PCI=y
CONFIG_ASUS_WMI=m
CONFIG_ASUS_NB_WMI=m
и в логах такая ругань: Local config setting for CONFIG_HOTPLUG_PCI didn't make it into the final config
Если бы я ранее не увидел странный для меня коммит, где разраб удалил подобный "комментарий" с припиской что-то типо "нам больше не нужно это отключать", я бы наверное в жизни не догадался удалить ту строку с решеточкой и после удаления ядро реально без проблем скомпилилось.

Ядра для Qubes OS действительно какие-то необычные. Не знаю зачем, но сам дистрибутив Qubes OS хранит в себе уже пропатченые и, казалось бы, готовые исходники своих ядер в /usr/src/kernels/. И тут я пытался пересобрать одно из ядер из этих исходников, но наткнулся на отсутствие папки Documentation, из-за которой не работал ни один конфигуратор, типа menuconfig, ну а взяв ее из оригинального ядра той же версии и пытаясь наконец собрать ядро, пошли несколько вопросов о том, что включать/не включать в ядро, чего быть вроде как не должно, и в конце ошибка об отсутствии какого-то компонента, уже не помню.

Ну и после всего этого я уже далее собирал это ядро как и советуют: через специальные билдеры компонентов Qubes OS. Конечно есть у них отдельно репозиторий с патчами оригинального ядра, но помимо патчей еще и скрипты, множество файлов конфигураций, собираемых в один файл .config и весь репозиторий сконфигурирован под билдеры компонентов Qubes OS, от чего мне что-то делать с ним вручную без билдера желания нет никакого.