А вот и всё в порядке у #OpenSUSE с подтомами. Как оказалось начальное состояние лежит не в @/, а в @/snapshots/1/... . Подтом @/ хранит только другие подтома, и ничего более.

Вот тут объясняют https://www.reddit.com/r/btrfs/comments/103w6ps/comment/jlrtpp2/?utm_source=share&utm_medium=web2x&context=3.