@sitnik_ru да у меня кажется вообще flatpak с внешним миром не общается. Только курсор нормально работает, а вот стиль окна и вариант темы он не может почему-то подятнуть.

У меня ubuntu 22.04, никаких специальных вещей я с гномом не делал, только тему и иконки настроил, да и пару плагинчиков именно для Shell, которые на приложения влиять не должны.

Я уверен, что можно еще покурить и "прокинуть" всякие внешние вещи внутрь, как я это делаю со snap, но только если из спортивного интереса.