Как выяснилось, проблема была в версии #ffmpeg. Несколько администраторов инстансов сталкивались с некорректным транскодингом сегментов на версии 4.4: https://github.com/Chocobozzz/PeerTube/issues/3990

Я собрал версию 4.4.1, но он уже не смог адекватно переработать ошибочные сегменты. Пришлось всё снести и заново поднять инстанс с применением патченной версии.

Видосы я перезалью ещё раз, это не проблема. Но ссылки и подписки инстансов безнадёжно сломаны.