Досмотрел видос (social.exo.icu/@exo/1110430894) и вроде все хорошо, но главное то, что система хранения у каждого своя. Эта штука очень зависима от личного мышления.
Вот, например, я не понимаю нафига мне граф заметок и вообще строить связи через meta-заметки. Намного проще поставить #тег и по нему потом быстро находить нужное. Но, если смотреть высокоуровнево - размечать заметки чтобы было проще искать, эт правильно.