Niki, скорее всего, установка обновлений с перезагрузкой пофейлится, если у тебя запущено что-то, что требует подтверждения для закрытия. Идея например, или какой-нибудь процесс в терминале. Поэтому я предпочитаю ставить обновления вручную, приведя систему в состояние, в котором она точно сможет перезагрузиться.