@shura Ну кстати да, выходные файлы действительно должны быть разными, иначе они каждый раз будут перезаписываться.
По поводу списка у меня с ним как раз и получился результат, когда все исходные файлы при перезаписи по содержимому стали идентичны друг другу. Я видел для склейки видео из нескольких ffmpegу скармливают список файлов определенного формата, где перед путем к файлу нужно обязательно ставить слово file, типо
list.txt:
file p0.mkv
file p1.mkv
file p2.mkv

Мол может в этом дело. Но я уже решил не парится по поводу формирования списка и просто написал скрипт с поочередной работой с каждым файлом:

#!/bin/bash

input=mp4
outdir=frames

if ! [ -d "$outdir" ]; then
    mkdir "$outdir"
fi

for i in *."$input";
do
   ffmpeg -y -i "$i" -r 0.2 "$outdir"/"$i"_%04d.jpeg
done