@Taciturn и бэкапам бэкапов. Пока колупался с этим выяснил что основной бэкап походу повреждён (но это не точно borg check всё ещё думает). Но там хард посыпался, уважительная причина.
Надо бы ещё автоматические снапшоты в btrfs настроить, на всякий случай