Всё нормально в итоге, apt-listchanges предупредил, что нужно внести правку в sources.list , только я не понял, что прям сразу нужно было внести, остановив апдейт.

Только теперь systemd-resolved отдельный пакет и не ставится вместе с resolvconf. Как следствие нужно выбирать, что у меня будет - DoT или автоматическое переключение DNS при включении VPN. Скорее всего, ещё потестить надо.
(Ну точнее скрипт надо писать)