Да, похоже мой Misskey не видит. Сейчас попробовал с тестового аккаунта Mastodon - федерация работает в обе стороны.

В документации GTS прочитал, что это возможно из-за их не совсем стандартной передачи KeyID пользователя, который некоторые клиенты могут некорректно обрабатывать. Стандартно ключ передается так:
https://example.org/users/example_user#main-key
А GoToSocial его передает так:
https://example.org/users/example_user/main-key

Чуть позже поковыряюсь с Misskey, чтобы найти в ней решение проблемы.