@coaxial@lor.sh смотря что вы подразумеваете под засером системы. Пакеты поставленные через флатпак будут занимать больше места чем поставленные из официальных репозиториев, да. С другой стороны выбирая между sudo make install, ./run.sh и различными проприетарными установщиками - то определенно лучше flatpak - он потом скорее всего сам удалить все сможет.
Если выбирать между AUR пакетом и flatpak пакетом - то тут уже спорно, можно найти аргументы как впользу так и против обоих. Я, все же, предпочитаю AUR пакеты, потому что они встраиваются в пакетный менеджер, их будет проще удалить и скорее всего не сломают остальные пакеты. Flat может по идее переиспользовать часть своих библиотек, по этому некоторые flat будут меньше по размеру некоторых аналогичных AUR статически слинкованных пакетов.