Главная героиня — слепая с рождения девушка, Анастасия, которая живёт в приюте при женском монастыре. Появляется возможность вернуть зрение в немецкой клинике, но для этого она должна выйти замуж за загадочного благотворителя, который оплатил операцию. Сюжет настолько предсказуемый, что концовку угадываешь уже на двадцатой минуте. Но именно в этой простоте и прямолинейности скрыта глубина: вся красота фильма в том, что между строк.
Фильмы Лопушанского постоянно исследуют тему утраты духовности на фоне материального апокалипсиса, объединяя мотивы Судного дня. «Сквозь чёрное стекло» показывает контраст между бездуховностью и материальной обеспеченностью, как это видно в образе русского бизнеса. Этот бизнес, перед выбором пути духовного исцеления, выбирает низменные страсти и разрушение. Фильм метафорично отражает современную российскую реальность — холодную и беспощадную, но всё-таки имеющую шанс на исцеление.