Посетила тут мысль, запишу сюда, чтобы не забыть.
Для дополнительной сохранности от ошибок можно при выполнении команды удаления чистить только символическую ссылку и базу данных, а сам AppImage перемещать в папку, которая по сути будет аналогом "корзины". И сделать отдельную команду purge для окончательного удаления всего содержимого этой папки.
Места, вроде бы, сейчас в достатке, можно ради дополнительной страховки повременить с удалением.
Сомневаюсь, правда, что конкретно мне оно окажется полезным.