Приехала на днях пара свежих малинок, взял 5е с 8Gb памяти. Давно думал как бы прикрутить LUKS шифрование рутового раздела, но пара подходов не дала особого результата. Наткнулся на прекрасный репозиторий с утилитой sdm, решающей не только эту мою проблему, но и вообще все проблемы с имаджингом для raspberry pi.
github.com/gitbls/sdm/

Теперь красота - рутовый раздел зашифрован, разблокировка удалённая с помощью dropbear ssh одной командой в терминале с подтверждением отпечатком пальца