Самый простой способ выключить хуки в git — объявить алиас

git='git -c core.hooksPath=/dev/null'

И в .zshrc мы проверяем что мы в контейнере с помощью if [ -n "$container" ]; then объявляя этот алиас только снаружи.

В итоге в контейнере хуки будут работать, а снаружи — нет.