"В частных беседах #Skype используется стандартный отраслевой протокол Signal Protocol, позволяющий выполнять сквозные зашифрованные аудиозвонки Skype, отправлять текстовые сообщения, изображения, аудио и видеофайлы."

И дофига подробностей в Technical white paper: https://az705183.vo.msecnd.net/onlinesupportmedia/onlinesupport/media/skype/documents/skype-private-conversation-white-paper.pdf