@WildPowerHammer Ну первый вопрос тесно связан со вторым. Сами флейки нужны только чтобы объединить configuration.nix и home.nix в одной папке и чтобы загружать программы недоступные в репозитории. Например можно не добавлять канал home-maneger'а через nix-channel, а добавить его в флейк, чтобы каждый раз не проделывать эту манипуляцию при загрузке системы. Так же у меня загружается и nixvim: в флейке прописан путь до репозитория, а в configuration.nix записано programs.nixvim.enable = true;
Если ты зайдёшь на https://search.nixos.org/packages, увидишь, что так можно загрузить довольно много программ, тот же hyprland так загружает не безизвестный райсер никса kuper(https://github.com/SHTRAMPANTUNC/MyNixOS), но его кофиг настолько сложен для понимания новичку, что я туда суюсь только при крайней необходимости