Ага. Почему-то, при запуске от рута (установке в системный енв?) он не использует pep517 по дефолту. И где-то в дебрях, если pep517 выключен то считает что изоляция не нужна
...несколько часов копаний свелись к тому, что надо добавить флаг --use-pep517
И слава IDE, за то что можно легко копаться в сорцах через Find Usages + Jump to source
8 дней. 14 часов чистого рабочего затреканного времени. Из-за того, что кто-то тридцать лет назад решил, что описывать метаданные пакета через выполнение произвольного кода отличная идея