Перенёс свой SSH-ключ на аппаратный ключ YubiKey.
Теперь в случае взлома ноутбука, например, через npm-зависимость, хотя бы SSH-ключ (и все сессии с 2FA, который тоже на ключе) не получится украсть.
https://developers.yubico.com/SSH/Securing_SSH_with_FIDO2.html
@sitnik_ru Чтобы защититься от такого очень удобно использовать контейнеры (docker, podman) под отдельные проекты. Код обычно в volumes.