Un usuario elige de una lista de instancia desde la cual crear su cuenta, la identificación es similar al correo electrónico: alias +@ +instancia. Por ejemplo Gargron@mastodon.social (la cuenta del fundador) sirve para comunicarse desde cualquier instancia, en cambio dentro de la misma instancia usar @Gargron es suficiente.​ Y en el cliente web el URL se referencia "instancia/@usuario" -según el ejemplo- como mastodon.social/@Gargron.