Flatpak пока проигрывает классическому способу установки приложений для приложений которые используют другие приложения для расширения своей функциональности, изоляция не позволяет запускать что-то извне, и правильно делает.

На сегодняшний день доступны следующие способы интеграции приложений:
* Регистрация приложениями сервисов DBus и вызов функций через него. Это требует реализации тех самых сервисов;
* Упаковка стороннего приложения вместе с основным. Ну так себе решение;
* Упаковка модулей как расширений среды выполнения. Так работают всякие SDK и VSCode во флетпаках. Но расширение и приложение – это разные вещи, а некоторым приложением нужно запускать именно другое приложение;
* Дать доступ запускать вообще всё что угодно через org.freedesktop.flatpak. В том числе и `rm -fr /` (не правда, только `rm -fr ~/`).

Решение обсуждается тут: https://github.com/flatpak/xdg-desktop-portal/issues/283