@sitnik_ru По моему опыту, с Flatpak пока всё равно есть проблемы и проблемки. Текстовый редактор Helix, например, доступен в виде Flatpak... Но по умолчанию в нём не настроены права на чтение практически ничего, так что работать из Flatpak невозможно.
А в GIMP у меня не подхватывается нормально системная тема.