Ладно, с переводом браузеров на Flatpak я погорячился.
Из-за изоляции сломалась поддержка .local-доменов из Avahi и FIDO2-ключей типа YubiKey.
Создал ишью. Пока исправляют, перешёл обратно на rpm-пакеты для браузеров (а GNOME-приложения работают из Flatpak отлично).
@sitnik_ru По моему опыту, с Flatpak пока всё равно есть проблемы и проблемки. Текстовый редактор Helix, например, доступен в виде Flatpak... Но по умолчанию в нём не настроены права на чтение практически ничего, так что работать из Flatpak невозможно.
А в GIMP у меня не подхватывается нормально системная тема.